## 4. Pokročilé činnosti

V této kapitole jsou popsány pokročilé postupy editace a práce s molekulami.

### Knihovna

Aplikace molsKetch obsahuje knihovnu často používaných chemických struktur a funkčních skupin. Uživatelé do ní mohou přidávat vlastní položky.

#### Vložení molekuly z knihovny

Před přidáním struktury z knihovny je třeba vybrat patřičnou kartu v okně »Nástroje« (standardně vlevo). Dvojklikem na požadovanou strukturu se tato vloží do dokumentu. Potom ji lze přesouvat a upravovat stejně jako ostatní věci v dokumentu.

#### Přidání molekuly do uživatelské knihovny

Před přidáním struktury do uživatelské knihovny je třeba nejprve zapnout režim přesouvání. V tomto režimu je nutné označit strukturu, která se má přidat. V okně »Nástroje« (standardně vlevo) je třeba vybrat kartu »Vlastní molekuly« a kliknout na tlačítko »Přidat...« V dialogovém okně je třeba vyplnit jméno a po stisku OK se struktura přidá do uživatelské knihovny.

#### Smazání molekuly z uživatelské knihovny

Pro smazání struktury z uživatelské knihovny je tuto nejprve třeba vybrat jako před vkládáním z knihovny. Potom se struktura vymaže z knihovny stiskem tlačítka »Odstranit«. Tato akce je nevratná.

### Schránka

V programu molsKetch lze používat schránku k vyjmutí, kopírování a vkládání struktur v dokumentu. Výběr je zároveň uložen v systémové schránce jako obrázek pro použití v dalších programech. Pro vyjímání a kopírování je třeba nejprve vybrat požadované v režimu přesouvání. Přidržením klávesy »Control« lze přidat do výběru více položek. Vkládání je možno použít pouze pokud interní schránka obsahuje nějaké struktury.

### Nastavení programu

Výběrem »Upravit nastavení...« z nabídky »Úpravy« lze změnit způsob, jakým molsKetch kreslí chemické struktury.

#### Automaticky přidávat vodíky

Je-li tato volba zapnuta, molsKetch bude automaticky přidávat vodíky tak, aby byl atom neutrální. Tato volba ovlivní pouze nejlehčí prvky.

#### Zobrazovat neutrální uhlíky

Není-li tato volba zapnuta, molsKetch schová neutrální atomy uhlíku, tzn. že budou zobrazeny pouze vazby.

#### Zobrazovat neutrální vodíky

Není-li tato volba zapnuta, molsKetch schová neutrální atomy vodíku.

#### Zobrazovat náboj atomů

Je-li tato volba zapnuta, molsKetch zobrazí znaménko náboje, jestliže atom není neutrální.

#### Délka vazby

Zde lze nastavit rozteč dynamické mřížky, tedy vzdálenost mezi místem kliknutí a body mřížky. Toto nastavení neovlivní již existující vazby.

#### Úhel vazby

Zde lze nastavit počet bodů dynamické mřížky, ze kterého vyplývá úhel mezi vazbami. Toto nastavení lze využít ke kreslení cyklických struktur s daným počtem atomů.

### Informační okno

Okno »Informace« (standardně vlevo dole) zobrazuje informace o právě vybrané struktuře. Je zde její vzorec, hmotnost a celkový náboj. Prostřednictvím kontextového menu (pravý klik myši) lze tyto informace kopírovat do jiných programů.