Sequence ID | hg18.chr11 |
---|---|
Location | 93,103,350 – 93,103,493 |
Length | 143 |
Max. P | 0.968411 |
Location | 93,103,350 – 93,103,462 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.22 |
Mean single sequence MFE | -30.47 |
Consensus MFE | -19.76 |
Energy contribution | -19.68 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.52 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.85 |
SVM RNA-class probability | 0.865715 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>hg18.chr11 93103350 112 - 134452384 --AUGGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUAUGAGGCUGUGAAACCCAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUGGAAGUUCUCUAUAGGAAGCCAUA-GCACUCCUAAUGUU--UGGUGCU --...((((((......((((((((.((.((........))))))))))))......))))))....((((...((((....))))..))))(-(((((.........--.)))))) ( -31.40) >dasNov1.scaffold_192792 1455 99 - 5195 --AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUG--AAACCAGGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUAAGGUUCUCCACAGGACGACAGA--CACU------------AGUGCU --...((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......))))))..........(((.(((...))).)))...--....------------...... ( -29.80) >canFam2.chr21 44003034 107 + 54024781 CAGUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA--AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAUAUUGGAGUUCUCCAUAGGAUGUAAUAGUUACU--------CAAUAGUGCU .((((((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......))))))......((((....))))...((.(((.....))))--------).....)))) ( -29.40) >bosTau2.chr29 546947 104 - 45822729 --GUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUGAUGGGACCA--AAUCCUGGAGCCCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAA-UUCUCCAUUGGAUAUAAUAGUCACU--------UGAUAGUGCU --(((((((((......(((((((..(((((...--..))))).)))))))......))))))...(((((..-...(((...))).....)))))...--------......))). ( -31.40) >oryCun1.scaffold_215179 58588 110 - 62759 --AAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGAGCCAUGAGACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAUGUUCUCCACAGGAUGCCAUAAUCACU-----CAGUAGUAGUGCU --...((((((......((((((((.(((..........))).))))))))......))))))....((((((((.....))).(((......)))..)-----))))......... ( -27.60) >rn4.chr8 116924828 109 + 129041809 --GAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGGUGG-CUGUAAAACCAAAAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAUGUUCUUCACAGAGCAGACCAUGCACU-----UUGUGAUAGUGCU --...((((........((((((((..(((-........))).))))))))....((((((....(((.......)))))))))....))))..(((((-----.......))))). ( -33.20) >consensus __AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA__AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAAGUUCUCCACAGGAUGCAAUA_UCACU________U_AUAGUGCU .....((((((......((((((((...((.........))..))))))))......))))))..........((((......))))........((((............)))).. (-19.76 = -19.68 + -0.08)
Location | 93,103,387 – 93,103,490 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.47 |
Mean single sequence MFE | -25.92 |
Consensus MFE | -18.47 |
Energy contribution | -18.72 |
Covariance contribution | 0.25 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.47 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 1.26 |
SVM RNA-class probability | 0.937427 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>hg18.chr11 93103387 103 - 134452384 GUAUGUAUGCAUUAGAAAAGACAUUUGU--AUGGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUAUGAGGCUGUGAAACCCAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUGGAAGUUC ..............(((....(((((..--...((((((......((((((((.((.((........))))))))))))......))))))..)))))....))) ( -24.60) >dasNov1.scaffold_192792 1481 94 - 5195 ------AGACAAUGGGAAAGACAUUU-U--AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUG--AAACCAGGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUAAGGUUC ------.(((((((.......)))).-.--...((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......))))))..........))). ( -27.30) >canFam2.chr21 44003066 103 + 54024781 GUAUGUGCACAUUUGAAAAAAUACCUUGCAGUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA--AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAUAUUGGAGUUC .....((((.((((....))))....))))...((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......)))))).............. ( -27.80) >bosTau2.chr29 546979 100 - 45822729 GUAUGUACACAUUAGAGAAAUAGUUUUU--GUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUGAUGGGACCA--AAUCCUGGAGCCCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAA-UUC ....................((((((((--...((((((......(((((((..(((((...--..))))).)))))))......))))))))))))))..-... ( -29.10) >oryCun1.scaffold_215179 58623 101 - 62759 GUACGUACACA--UGAGAAAAAAAUAAU--AAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGAGCCAUGAGACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAUGUUC ........(((--(.(((......)...--...((((((......((((((((.(((..........))).))))))))......)))))).....)).)))).. ( -22.30) >rn4.chr8 116924863 98 + 129041809 GUAUGUGUA----UGGGAAGCGGGUAGC--GAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGGUGG-CUGUAAAACCAAAAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAUGUUC .(((.(((.----......))).)))..--...((((((......((((((((..(((-........))).))))))))......)))))).............. ( -24.40) >consensus GUAUGUACACAUUUGAAAAAAAAUUUGU__AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA__AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAAGUUC .................................((((((......((((((((...((.........))..))))))))......)))))).............. (-18.47 = -18.72 + 0.25)
Location | 93,103,391 – 93,103,493 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.77 |
Mean single sequence MFE | -26.56 |
Consensus MFE | -18.38 |
Energy contribution | -18.85 |
Covariance contribution | 0.47 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.04 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 1.63 |
SVM RNA-class probability | 0.968411 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>hg18.chr11 93103391 102 - 134452384 AA-GGUAUGUAUGCAUUAGAAAAGACAUUUGU--AUGGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUAUGAGGCUGUGAAACCCAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUGGAA ..-......................(((((..--...((((((......((((((((.((.((........))))))))))))......))))))..)))))... ( -23.70) >canFam2.chr21 44003070 102 + 54024781 AA-GGUAUGUGCACAUUUGAAAAAAUACCUUGCAGUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA--AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAUAUUGGA ((-(((((...((....)).....))))))).(((((((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......))))))...))))).. ( -31.50) >bosTau2.chr29 546982 100 - 45822729 AA-GGUAUGUACACAUUAGAGAAAUAGUUUUU--GUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUGAUGGGACCA--AAUCCUGGAGCCCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAA ..-.....................((((((((--...((((((......(((((((..(((((...--..))))).)))))))......)))))))))))))).. ( -29.10) >oryCun1.scaffold_215179 58627 100 - 62759 AA-GGUACGUACACA--UGAGAAAAAAAUAAU--AAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGAGCCAUGAGACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAU ..-............--...............--...((((((......((((((((.(((..........))).))))))))......)))))).......... ( -22.00) >rn4.chr8 116924867 98 + 129041809 AAAGGUAUGUGUA----UGGGAAGCGGGUAGC--GAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGGUGG-CUGUAAAACCAAAAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAU ...(.(((.(((.----......))).))).)--...((((((......((((((((..(((-........))).))))))))......)))))).......... ( -26.80) >rheMac2.chr14 92292829 102 - 133002572 AA-GGUAUGUAUGCAUUAGAAAAGACAUUUGU--AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUCAUGAGGCUGUGAAACCCAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUGGAA ..-......((((((..............)))--)))((((((......((((((((.((.((........))))))))))))......)))))).......... ( -26.24) >consensus AA_GGUAUGUACACAUUAGAAAAAAAAUUUGU__AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUAUGGGGCUAUGAAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAA .....................................((((((......((((((((.((((.........))))))))))))......)))))).......... (-18.38 = -18.85 + 0.47)
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