Sequence ID | hg18.chr11 |
---|---|
Location | 93,105,204 – 93,105,320 |
Length | 116 |
Max. P | 0.569349 |
Location | 93,105,204 – 93,105,320 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.77 |
Mean single sequence MFE | -32.70 |
Consensus MFE | -24.86 |
Energy contribution | -24.17 |
Covariance contribution | -0.69 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.47 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.569349 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>hg18.chr11 93105204 116 - 134452384 UCAUAAUUGCACUGCAUGGUAUCUGCACUCAGCAGUUU-ACACCUGCUAGGGUGUUCAAAGGUCAGUGCUAUAGAAAUUCAGUAUCUGGCAUCGUUGGUUUU---CUUGGCUUUGUGCUU ........((((......(((.((((.....))))..)-))....(((((((...((((..(((((((((..(....)..)))).)))))....))))...)---))))))...)))).. ( -32.90) >rn4.chr8 116926073 107 + 129041809 -------UGCACUGCAUGGUAUCUGCACUCAGCAGUUC-UUUCCUGUUGGG-UGUUCAAAAGACAGUGCGAUAGAAAUUCAUUAUCUGGCAUCGUUGGUUU----CUUGGCUUUGUGCAU -------(((((.((.........(((((((((((...-....))))))))-))).(((.((((...((((((((.........)))...)))))..))))----.)))))...))))). ( -32.00) >mm8.chr9 108935325 111 + 124000669 AUUU---UGCACUGCAUGGUAUCUGCACUCAGCAGUUC-UUUCCUGUUGGG-UGUUCAAAAGACAGUGCUAUAGAAACUCACUAUCUGGCAUCGUUGGUUU----CUUGGCUUUGUGCAU ....---(((((.((((((((.(((((((((((((...-....))))))))-)).((....)))))))))))(((((((.((...........)).)))))----))..))...))))). ( -33.80) >canFam2.chr21 44004670 116 + 54024781 UCAGGAUUGCACUGCAUGGUAUCUGCACUUAGCAGCUCAGGUCCUGCUGGG-UGUUCAAAAGACAGUGCAAUAGAAAUUCAGUAUCUGGCAUCGUUGGUUUU---CUUGGCUUCGUGCAU .(((((((((((((..(.......(((((((((((........))))))))-))).....)..))))))))).(.....)....))))(((.((..((((..---...)))).))))).. ( -35.70) >loxAfr1.scaffold_28145 17317 113 + 37299 UCGC---UGCACUGCAUGGUAUCUGCAUUCAGCAGUUC-ACUCCUGCUGGGAUGUUCCAAGGACAGUGCGACAGAAAUUCAGUAGCUGGCAUCGUUGGUUUU---CUUGGCUUUGUGCAU ..((---((((((((.(((.....(((((((((((...-....))))).)))))).)))..).)))))))(((((...((((.(((..((...))..)))..---.)))).))))))).. ( -33.50) >monDom4.chr4 174695190 114 + 430141050 UCAAGACUGCACUGUAUGGUAUCUGCAUCCAGCAAU---AUUAUUGUUGGGGUGUUCAAAAGACAGUGCUAUAGAAAUUCAGUAUCUGGCAUCGUUGGUUUCAUGCUUG---UCAUGCAU ....(((......((((((.(((.((..((((((((---...))))))))(((((((....))(((((((..(....)..)))).)))))))))).))).))))))..)---))...... ( -28.30) >consensus UCAU___UGCACUGCAUGGUAUCUGCACUCAGCAGUUC_AUUCCUGCUGGG_UGUUCAAAAGACAGUGCUAUAGAAAUUCAGUAUCUGGCAUCGUUGGUUUU___CUUGGCUUUGUGCAU ........((((((..(.......(((((((((((........)))))))).))).....)..))))))...................((((....((((........))))..)))).. (-24.86 = -24.17 + -0.69)
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